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ポケモンGOで「データが消えた・ログインできない」ときの対処法。iOS版1.1.0アップデートでログイン方式変更 - Engadget Japanese

開発元ナイアンティックのトラブルシューティングによれば、データが消えてしまったように見える原因は、バージョン0.31.0 (iOS版では1.1.0)へのアップデートで新しいログイン方式を導入したこと。
再ログインが必要になるため、これまでポケモンGOで使っていたのとは違うGoogleアカウントでログインしてしまうと、新規ゲームが始まるためリセットされたように見えます。
これまでのゲーム進行がリセットされてしまったように見えても、実際には元のアカウントに切り替えれば元どおり遊べます。セーブデータは消えていません。
対処方法は、「サインアウトして、これまでポケモンGOを遊んでいたGoogleアカウントに切り替える」。