FlashAirのワイヤレス通信のオン・オフを画像プロテクトで切りかえるときの設定方法と注意点 - 本末転倒ウェブログ

仕組みとしては
手動起動モードでは、ワイヤレス転送機能は原則オフになっている
カメラの電源をオンにした状態で、画像のプロテクトをオフに切り替えると、転送機能がオンになる
カメラの電源を落とすと、（画像のプロテクト状態にかかわらず）ワイヤレス転送機能は必ずオフに戻る

という仕様になっているみたいですね。