はーい、注目！ iOS 9.3の新機能「Night Shift」について解説します : ギズモード・ジャパン

Night Shiftは、昼と夜で画面の色温度を自動的に変えてくれる機能ということは、わかっていると思います。じゃあ、どうやって時間を認識しているか。これは設定によります。
「時間指定」で切り替える時間を設定できますが、タイムゾーンで自動的に日の入から日の出を認識して変更する場合と、自分で時刻を設定する場合があります。これは、各自好きなほうを選ぶように。