MT3にアップグレードした方のページを発見しました。
filemaker.cx
ヒラタさんのエントリにある通り『スクリプトの上書き』でアップグレードパッケージ内のフォルダ・ファイルを全て上書き（アップロード）、今のところ管理ページの全てのリンクを含め問題なく動作しているようです。ちなみに、動作環境は lollipop! ＋ mysql、mt-db-pass.cgi はアップロードする前にデータベースのパスワードを差し替える必要があるのでご注意を。
私と全く同じ環境なので、私もアップグレードしても大丈夫そうですね。正式版を待つか、ベータ版で強行するか、悩むところです。
