GoodReader for iPad(115円)

で、この用途で使うならGoodReader for iPad(115円)が重宝します。
ファイルの連携手段だけでも…
USBケーブル(iTunes経由で)
Googleドキュメント
MobileMe
Dropbox
Webページ
FTP
WebDAV
etc…
と豊富に用意されています。